Saga hakkarica ŞİRİN&TAYLAN, 2019 (ORTHOPTERA, TETTIGONIIDAE, SAGINAE) TÜRÜNDE TOTAL MİTOKONDRİYAL GENOM KARAKTERİZASYONU
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Hakkari Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyoloji Ana Bilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ORHAN AKSIN
Danışman: Mehmet Sait Taylan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bu çalışmada, Orthoptera takımı, Tettigoniidae familyası, Saginae alt familyasında yer alan ve Anadolu endemiği olan Saga hakkarica Şirin&Taylan, 2019, türünün total mitokondriyal genomunun karakterizasyonu ve genetik analizi yapılmıştır. Araştırma kapsamında, yeni nesil dizileme teknolojileri kullanılarak S. hakkarica türüne ait mitokondriyal genom dizileri elde edilmiş, mitogenomik kütüphane oluşturulmuş ve analiz edilmiştir. Toplamda 14.508.962 okuma elde edilmiş ve sekans verisinin toplam uzunluğu yaklaşık 2.19 Gbp olarak hesaplanmıştır. Mitogenomun GC içeriği %46,8, AT içeriği ise %53,2 olarak tespit edilmiştir. Okumaların kalite dağılımında, Q20 değeri %95,7, Q30 değeri ise %89,7 olarak tespit edilmiştir. Analizler sonucunda S. hakkarica türünün mitokondriyal genomunun 15.755 bç uzunluğunda olduğu ve 37 gen bölgesi içerdiği saptanmıştır. S. hakkarica türünün mitokondriyal genomunda 22 transfer RNA (tRNA) geni, 2 ribozomal RNA (rRNA) geni, 13 protein kodlayan gen (7 NADH dehidrogenaz alt birim geni (nad1–nad6, nad4L), 3 sitokrom c oksidaz alt birim geni (cox1–cox3), 1 sitokrom b (cob) geni, 2 ATP sentaz alt birim geni (atp6, atp8)) ve replikasyon orijin bölgesi tespit edilmiştir. Ayrıca mitokondriyal genomda yer alan 37 gen bölgesinden 23 tanesinin forward (F) zincirinde yer aldığı, geri kalan 14 genin ise reverse (R) zincirinde bulunduğu tespit edilmiştir. S. hakkarica mitogenomu, sahip olduğu CDS, tRNA ve rRNA gen sayıları açısından literatürde bildirilen Orthoptera mitogenomlarıyla büyük ölçüde benzerlik göstermektedir. Başlama ve sonlanma kodonları da genel bir benzerlik sergilemekle birlikte, içerik düzeyinde bazı farklılıklar tespit edilmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma ile ilk kez S. hakkarica türünün total mitokondriyal genomunun yapısal ve fonksiyonel özellikleri ortaya konmaya çalışılmış ve Saginae alt familyasından elde edilen ikinci mitogenom veri seti olması açısından, gelecekte yapılacak genetik ve filogenetik araştırmalar için kaynak oluşturulmuştur.